O Conselho Diretor - CONDIR constitui-se como a instância máxima deliberativa do Colégio de Aplicação. É o Conselho Diretor – CONDIR, constituído, de forma a manter a proporcionalidade prevista no Regimento da UFRJ, como segue:

I – Diretor do Colégio;

II – Vice-Diretor;

III – 1 (um) Diretor Adjunto de Ensino;

IV – 1 (um) Diretor Adjunto de Licenciatura, Pesquisa e Extensão;

V – Coordenadores dos Setores Curriculares;

VI – 3 (três) representantes do Corpo Técnico Administrativo;

VII – 3 (três) representantes do Corpo Discente; e

VIII – 2 (dois) membros da sociedade civil organizada: representantes de pais e responsáveis dos estudantes indicados pela Associação de Pais e Responsáveis juridicamente constituída, cuja participação deve ser previamente homologada pelo Conselho Diretor.